本系成立於2001年八月，旨在積極培訓原住民語言保存與傳播發展所需人才，以科學的方法來記錄自己的語言（也包括各地方言），並透過現代大眾傳播之技術，活化台灣原住民語言、文化生態。
台灣原住民的語言屬於南島語系，南島語系大概有一千多種語言和方言，台灣原住民語言在這些語言中佔有特殊地位，因它保存了南島語言最古老的形式。台灣的南島語言有許多特徵在別的地方如印尼、菲律賓、南洋各地已經消失，可見台灣原住民語言研究在語言學上的重要性。然而，今日在台灣好幾種原住民語言已經沒人會說，其他語言也開始衰微。所以，現在是台灣原住民族語保存的關鍵時刻。許多語言學家都語重心長地指出，台灣原住民族語的當務之急在於想辦法保存原住民的語言；其次，更要為每種族群的語言作充分而詳細的記錄。因此，「民族語言與傳播學系」即是在這時代需求下設立。
本系之設立係因應台灣原住民在語言與文化上紀錄的迫切需要，並整合語言學的理論知識與田野調查的實務經驗，同時配合傳播領域實務的發展與影像時代的來臨而產生，設系宗旨在於培育具有語言文化紀錄及影視製作專長、理論與實務兼顧、以及具備寬廣視野之語言與傳播專業人才，以符合原住民社會與地方發展的需要。