「族群關係與文化學系」為本校2010年(99學年度)的新科系,不過,她是整合多年來實質合併的「族群關係與文化研究所」(碩士班首先成立於1995年,其後,碩士在職專班成立於1999年,博士班成立於2005年),與「民族文化學系」(成立於2001年)成為組織合併的學術單位。因而本系的歷史可以追溯到1995年,是台灣第一個研究族群關係與文化的學術單位。