「族群關係與文化學系」為本校2010年（99學年度）的新科系，不過，她是整合多年來實質合併的「族群關係與文化研究所」（碩士班首先成立於1995年，其後，碩士在職專班成立於1999年，博士班成立於2005年），與「民族文化學系」（成立於2001年）成為組織合併的學術單位。因而本系的歷史可以追溯到1995年，是台灣第一個研究族群關係與文化的學術單位。