本研究以花蓮縣秀林鄉銅門村「慕谷慕魚自然人文生態景觀區」為研究個案，研究者於101年3月至102年11月間，透過次級資料蒐集、參與觀察與訪談等方式，瞭解慕谷慕魚在法制化過程中所產生的爭議並進行衝突問題分析，本研究希望從個案衝突分析中得到政策執行障礙的因素，並預測可能會發生的狀況，最後以夥伴關係理論探討如何達到社區共管的目標。本研究之結論摘要如下：
一、個案發生衝突的因素兼具數據、興趣、情感、價值及結構上等五種衝突；在衝突管理的過程中也發生了關鍵的限制因素，包括很難在同一時間聚集所有村民參與意見討論；利益及資源處理很難平均分配；衝突問題擴及土地權、地上物清理、民族價值等問題；所有村民需求很難完全都被滿足等。
二、政策過程出現的阻礙因素除了溝通不良、價值觀迥異、利益不清之外，部分居民覺得程序不符合共管機制；而新舊政策的差異未說明足夠清楚，也造成過程中的阻礙，影響政策執行的進度。
三、在建構夥伴關係上，個案錯失了成立夥伴關係的最佳時間點，對於部落隱藏在檯面下的問題也沒有被發現或事先解決。另外，個案在夥伴關係的建構上也顯不足，包括沒有適當的調解人員、參與者目標不一致、能力建構尚未完全等。
本研究建議政府機關在處理衝突事件時能越早介入越好，比較容易處理到衝突主題的內涵，且應保持中立、超然的角色為宜；此外，面對原住民族地區的共管機制應落實部落尊重與參與，否則在政策執行上必然碰到阻礙。目前個案之法制化過程因衝突問題而宣告停滯，俟部落達成共識後再依其決議進行處理。本個案應尚屬發展中的階段，仍有待後續研究探討。