本研究旨在探討內部審核與公務員小額款項補貼舞弊之相關性，藉由個案研究法及半結構式的訪談法後發現，「小額款項補貼」舞弊與內部審核關聯性繫屬於，誠信原則之適用、業務單位未有正確的權責法令觀念及機關內部將內部審核當成內部控制等原因；故為減少小額款項補貼舞弊案件發生之可能性，並明確公務人員報支經費之相關責任，本研究提出落實權責分工，並本誠信原則報支、提高單位主管之可責性並賦予內部審核責任、會計人員應充實專業熟悉法令並配合電腦審核工具，建立良善內部審核機制及透過教育訓練提升相關人員法治觀念等作法，供會計人員辦理內部審核管理之參考，以期降低公務員詐領小額款項補貼舞弊事件之發生。