五都升格後，新北市、台中市、高雄市的原住民鄉被納入區之後，自治權開始遭到剝奪，沒有了公法人的地位，原住民族520評鑑聯盟認為這樣加速了同化控制原住民的力量，2014年桃園縣也將升格為直轄市，而桃園縣內的復興鄉居民，也將面臨權益消失的問題，就有台中長老教會牧師針對和平區與烏來區，以及即將升格的復興鄉居民，做升格直轄市的現況與意向問券調查，有95.4%的民眾，希望恢復地方公民自主權，而當中更有70%的民眾希望直接原住民族自治。

由於恢復原住民鄉意味著可以分配統籌分配款、鄉產掌握在鄉民手中，鄉民可以選鄉長，設置鄉級的議會組織，但是五都升格後屬於原住民的土地與資產不保，讓許多原鄉地區居民反彈，而內政部曾提出地方制度法修改將增加原住民專章，希望來保障當地人民的參政權、並落實保障原住民族的文化，內政部表示將蒐集各部會的意見，一個月內就會有答案。

原住民專章能否真的立案，五都內的原住民族地區居民都引頸期盼，能儘快落實恢復原住民族的地方權益，不過內政部訂出專章後還要送交到行政院會內審查討論，最後還要送到立法院審議，何時會立法通過沒有時間表。