南科考古館擁有全台首座考古祕室，遊客可以透過玻璃窗，鳥瞰館方人員整理文物的過程，並提供近距離錄影攝像和專人解說，揭開考古工作的神祕面紗。

 

台南科學園區現址，有許多古西拉雅平埔族先民遺跡跟文物，20年來隨著園區開發，陸續發掘出土數萬件古物跟遺骸，而位在園區內的考古館，是目前全台最大的考古遺址，未來將成為國人了解台灣史前文化的文物典藏中心跟考古教育場域。