九合一選舉綁公投，由於選票多，也造成大混亂，在台南永康區，有族人選民應該要領取市長、里長、原住民市議員共三張選票，但到投開票所時，竟然少了原住民市議員的選票，恐會影響選民權益。

另外，在安南區有族人選民，好不容易排到準備投票，但選務人員在名冊中卻找不到族人的姓名，族人又跑到其他投開票所，繞了一大圈，原來是選務人員搞烏龍，沒有注意到族人名字，就在名冊最後面。

在都會區許多投開票所族人選民人數不多，也造成選票被忽略的情況，雖然事發當下，選務人員都有立即回報台南市選委會，並馬上協助處理，讓族人順利投票，但過程耗費許多時間，族人都認為這樣大型選舉，應該加強選務人員訓練，以免類似事件再次發生。