為了因應核廢料放置蘭嶼，並保障當地族人健康。行政院將以核後端基金約7千多萬元，支付當地居民及曾在核廢料貯存工作者約5千多人進行健檢，6號開始將在各村通知族人報名健康檢查。 健檢項目包括生化血液檢查、腫瘤指標檢查、尿液檢查、綜合檢查，也包括甲狀腺超音波、胸部X光等項目。相關費用除了健檢費用，還包括鄉民一日工資、誤餐費、蘭嶼到衛生福利部臺東醫院健檢來回機票和住宿費用。 健康檢查時間將從11月14日到108年3月12日，健檢完成半個月後會將健檢報告寄出。主辦單位表示體檢報告由各受檢人自行保存，不做各種研究與分析 。