教育部公布2016年度大專校院各校註冊率，全國竟有高達151個科系所完全沒學生，註冊率為零，研究所註冊掛零最多的是台灣大學。但其實原住民專班註冊率也不高，根據資料顯示2016年全國大專校院共計23專班開班，註冊率低於6成的有14班，其中有一班完全沒有學生，[]學生認為這和原專班可以不限報名間數，和學費有關。

由於23班當中，只有4班是國立大學，其餘19班是私立學校，學費並不便宜，且必須完成註冊後，相關補助才會後續發放，補助也和一般生相同，有學生認為專班授課內容和一般科系沒有兩樣。

學生表示大學所學和想像落差，而且原專班開般類別雷同性高，根據統計分析大專校院共計23專班開班，其中文創類和老年服務類各有5專班，各佔21.7%，大眾傳播類3專班佔13%，土木類2專班佔8.6%，表演藝術類、公共行政類及農藝農經類各1專班，各佔4.3%，另有5專班不屬於原民會建議十大類別佔21.7%。學生認為入學容易，但科系選擇性少，如果真的沒有興趣，加上生活考量，完成4年大學是一大考驗。

原本原住民專班的設立，是希望透過專班形式提供原住民學生別於一般教育的環境，到各專班發展方向，期待能強化原住民學生就業職能或是以學校就是部落的專業教育為取向，但註冊率偏低的情形，該如何改善，是相關單位必須正視解決的問題。