教育部29日公布大專校院註冊率，面對少子化浪潮，連頂尖大學台大也擋不住，超過7成科系出現缺額。不過原住民專班開班以來也面臨註冊率嚴峻考驗，根據統計分析103年，大專校院計共有20專班開班，註冊率達7成以上的有10班，不達7成有10班，其中有一班註冊率為0，104年大專校院計共有23專班開班，註冊班率達7成以上的有10班，不達7成有13班，105年大專校院計共有23專班開班，註冊率達7成以上的有7班，低於7成的有16班，其中有一班註冊率為0，根據教育部函示註冊率3年不滿7成將停辦，不過其實已經有8班連3年不達七成。有學者認為族人註冊率要提高，要從改善族人整體經濟做起。

另外有學者認為目前原專班散佈過廣，但科系選擇性少，認為原住民族高等教育人才培育計畫，應朝向設立民族學院。

不過，學者也擔憂目前原住民高等教育人才師資不足，也是一大問題，未來設立民族學校有可能面臨沒有族人老師。

目前一般生就讀大專院校比例達84％，原住民族學生卻只有51%，而且族人學生因經濟困難休學比例約為一般生的兩倍。為了鼓勵學生繼續升學，大學開設原住民專班是多一項選擇，但註冊率還是有學校掛零的情形，如何提升族人就讀大專院校比例，還是一大考驗。