立委批評國立大學不重視原住民學生基本權利，根據原住民族教育法規定，國內公私立大專校院原住民學生達100人以上，得設置原住民族學生資源中心，但根據教育部資料統計104學年度，全國有158所大專校院，原住民學生超過100人以上的97校，只有59校設置原資中心或專責單位，要求教育部改善。

教育部表示，106年度將擴編經費5千5百萬用在補助各大專校院設置原資中心，而且未達100人學校，可以透過成立區域的原資中心，服務原住民學生。有立委和學者認為就算擴編經費，補助項目沒有人事費用，問題一樣存在。

有學者提到，目前有的學校直接由學務處底下的生輔組長兼任原資中心工作，強調沒有專職人力，原資中心很難運作，原住民學生權益也跟著受損，對此原民會和教育部都表示，現階段礙於經費預算，無法編列人事費用。

原資中心進行原住民學生生活、課業及生涯規劃，同時有民族教育課程，但沒有人事費用預算的原資中心，立委和學者認為只是會增加老師和學生負擔。原民會和教育部表示未來朝向修原住民族教育法來立法保障，原資中心要有專責人員負責。