總統府底下將設置「總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會」，由總統親自擔任召集人，與原住民族各族代表共同追求歷史正義。而委員會委員人數為二十九人至三十一人，其中原住民族十六族代表各一人及平埔族群代表三人，將在四個月內由原住民族及平埔族群推舉產生，人選會以民族和部落的共識為基礎，不過針對平埔族群代表僅推舉3名，有族人無法接收。

由於平埔族群身分尚未法定化，因此平埔正名聯盟委員會召集人憂心，委員代表可能難產，因此早在設置要點未訂出前，就已召開過內部會議在，有初步共識以一席代表出席原轉會。

原轉會平埔族群3名代表，有族人認為不足代表全體平埔族群，但有族人認為現階段單純化處理較有利，族人內部各有立場。學者認為，總統府應該以開放態度面對族人需求。

不過，有學者批評，除了3名代表性受質疑外，強調應該在平埔族群身分法定後，再進行推舉才恰當。

總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會，主要任務包含揭露歷來，因外來政權或移民導致原住民族權利受侵害、剝奪的歷史真相；對原住民族受侵害權利，規劃回復或賠償措施；檢視對原住民族造成歧視或違反原住民族基本法的法律與政策並提出修改建議；積極落實聯合國原住民族權利宣言與各項相關的國際人權公約等。-

但就委員代表性，各方意見分歧，如何在四個月內由下而上的推舉產生，還是未知數。