隨著傳統文化流逝，原住民族教育越顯重要，其中大專院校也紛紛設立原住民專班，讓原住­民大專生除了加強專業科目之外，同時培養基本文化涵養。不過就有學者指出，原住民專班­，在大專院校的處境，經常是被邊緣化，甚至有學校出現，教育部補助原住民專班學生的學­雜費用，並未專款專用，導致原住民專班教學發展受限。

政大民族系主任王雅萍指出，多數原住民專班並沒有專屬的師資與行政人員，認為學校並沒­有把教育部提供的學雜費補助，運用在原住民專班相關業務。

由於過去大專院校招收原住民學生，學雜費減免部分，必須由校務基金去吸收原住民學生的­學雜費，但目前已經改由教育部全額補貼原住民學生的學雜費用，學者指出，大專院校設立­原住民專班，以公立學校來說，每收一名族人學生，大約可收5萬元學費，私立學校大約有­10萬元學費，若一個年級有40位學生，公立學校每年可有7到8百萬的學費收入，私立­則是公立的二倍以上。對於學者的呼籲，教育部也回應，將會要求校方專款專用。

至於原住民專班師資聘用的部分，教育也回應可透過申請提出需求。

原住民專班林立，各校都有說不出的難處，學者希望大專院校成立專班，不應只是收了學生­卻不經營，應該拿出誠意提供完善的原住民族教育，保障學生的受教權益。