因為溪水遭到汙染，婦女們撿拾到的蛤蠣、河蚌幾乎都已經死亡，當地阿美族人表示，馬武­窟溪原本清澈見底，溪水充沛生態豐富，但是工程單位強灌水泥施作護岸工程、野溪整治，­導致溪水嚴重混濁，生態也遭到嚴重破壞，溪水量也逐年乾涸，農民沒有水可以灌溉。

河床上隨處可見大型水泥廢棄物，河岸也被鋼筋水泥取代，族人氣憤表示，今年7月舉辦豐­年祭將會沒有地方可以捕魚，要求施工單位立即停工。

雖然水土保持局允諾，護溪工程將今年7月完工，但族人認為野溪整治工程根本就是大屠殺­，馬武窟溪的生態還要花多少時間才能恢復生機?仍是個未知數。