民進黨版促轉條例草案並沒有納入原住民族轉型正義，原住民立委也陸續草擬相關版本，立委鄭天財首先提出「促進轉型正義回復原住民族傳統領域土地條例草案」，主張監察院底下設置獨立機關，也就是原住民族土調會，統籌辦理調查、公告傳統領域土地，及糾紛處理、制度習慣調查和整理等事項。
但學者汪明輝認為，原民會多年來就有傳統領域調查成果，另外在監察院底下設置獨立調查機關，是多此一舉。
其他原住民立委也認為可行性不高，認為監察院底下，只有調查權的獨立機關，仍無法有效解決牽涉跨部會土地歸還問題，認為還是要透過修正民進黨版促轉條例才行。
原住民立委接下來會陸續提出各自版本，加入日後朝野協商戰局，主張直接修正民進黨版的促轉條例草案，也就是將時間拉長，回溯到鄭成功或日據時期，並增列原住民族轉型正義事項，保障促進轉型正義委員會中原住民族席次。
