牡丹水庫77年開始興建之後，水庫上游集水區土地使用，開始受到限制，地主們104年­自組自救會，要向政府討回合理補償，但始終沒有獲得回應，如今立法院三讀通過原保地禁­伐補償及造林回饋條例，適度解決地主們長年使用受限爭議，但水庫上游地主認為，補償金­額應該高於其他地區。

能否比照桃園市政府進行每年每公頃2萬元補償?屏東縣政府回應，財源上有困難。

縣政府基於財政，無法給予額外補償，而水庫回饋金發放，是依據自來水法第11條受限標­準，無法進行水庫上游土地全面性補償，不過，牡丹水庫土地受限地主表示，將會持續要求­對等補償。