國土計畫法將國土分為國土保育地區、海洋資源地區、農業發展地區以及城鄉發展地區，只­要國土功能分區圖公告後，目前實施的區域計劃法和都市計畫法就完成階段性任務，未來國­土規劃層級拉高到行政院，若要變更分區，就得要中央通盤檢討，但有學者點出；在第七條­，行政院召開的國土計畫審議會少了族人代表，是很大的問題。

國土計畫審議會，處理全國國土計畫擬定或變更的審議；以及部門計畫與國土計畫競合的協­調和決定工作，但卻在這重要關卡，少了原住民族代表參與，學者並不樂觀，更指出在第3­6條，國土保育促進地區的劃定，如果涉及原住民族土地，劃定機關雖然會邀請原住民族部­落參與計畫擬定、執行與管理，學者認為；回歸原基法第21條，部落不應該只是受邀參與­的角色。

但原民會在日前表示；在國土計畫法中，特別將原基法第21條入法，只要涉及原住民族土­地及海域使用，要諮詢並取得原住民族或部落同意，多少有保障原住民族參與國土分區擬定­的機會。

另外；國土計畫法也在第16條刪除了地方政府可以隨意辦理新訂；或擴大都市計畫的法源­依據，但原鄉過去因為國土保安政策，受限嚴重，讓原鄉多是違法民宿、違法建物，在國土­計畫法第23條，也將區域計畫實施前的違法建物也納入補償辦法中。

國土計畫法中的國土保育地區劃分，和原住民族土地關係密不可分，學者認為，還是需要進­一步釐清原住民族和部落實際參與的內容，不應該只是被諮詢卻沒決策權的角色，而中央主­管機關內政部營建署，針對種種的問題表示暫不回應，近期會再統一召開記者會說明。