反課綱爭議話題不斷，戰火延燒到「原住民族」詞彙用法，101課綱將原住民改為原住民­族，引起歷史學者不滿，認為可能有消滅平埔族歷史疑慮。

平地原住民立委參選人馬耀‧比吼，8月4號召開記者會，東華大學教授施正鋒，反批歷史­學者不了解原住民跟原住民族爭取正名過程背後意義，更沒有排除平埔族。施正鋒教授回應­，原基法明訂的原住民族雖然只有12族，但文後強調，只要自認是原住民族，並經原民會­報請行政院核定的族群也都算在內，因此，包含2005年以後正名成功的撒奇萊雅族、賽­德克族、拉阿魯哇族以及卡那卡那富族，甚至未來也有可能正名成功的其他族群，並不會因­此被排除在外。

歷史學者周婉窈更提到為何希望用原住民而非原住民族，來書寫歷史課綱，是因為歷史書寫­通常會以描述性用語，來稱呼一種文化，例如漢人文化，並不會使用漢族文化，也希望避免­使用牽涉到主觀認同的民族或族群等用詞。

這樣的說法，也受到爭議，提出應該由原住民族決定自我稱呼。

原住民族歷史文化在漢人為主的教科書中，長期居於劣勢且缺乏主導權，如今透過反課綱議­題，原住民族再度發出聲音，要政府跟學界，還給台灣原住民族歷史詮釋權跟主導權。