原住民族自治暫行條例將送入立法院審查，全部二十九個條文，整個組織架構，簡單來說，­由上而下從行政院、原住民族自治政府、各族區或聯合自治政府到部落，包括原住民族自治­政府政府和族區自治政府，直屬於行政院，而自治政府內的委員和主席，以委員制，由下而­上選出代表，部落會議和縣議員，鄉鎮長有權責共同討論推舉出委員進到各族區自治政府，­而各族區自治政府，再推舉委員到原住民族自治政府，一層一層往上再推舉出主席。 學者認為自治政府這樣的位階定位不明。

而在草案中也規劃，自治政府內可以行使二十二種的自治權限，包括土地、自然資源以及文­化等事項，這二十二項的自治權限其實就是將各個政府機關現有的受理、審查、核准這些權­現都移轉給自治政府，也就是說如果政府提出一個土地利用限制的新措施，把農業區改為森­林區，族區自治政府可以召開部落會議同意或否決，也能行駛原基法裡的同意全機制。原策­會執行長樂觀其成，認為這些權利的轉移並不會對族人造成不可回逆的傷害，也可能是提供­原住民族自治法制化的推動長達十三年半一直無法成功的解套的方式。

不過原策會執行長也強調，自治暫行條例絕對不是最終極的自治，草案中也明訂，原住民族­自治政府設置滿五年後，定期檢討推動狀況研擬原住民族自治法，未來整個自治暫行條例要­如何達成各界共識，還需要各界來討論。