花東海岸地圖一字排開，從北到南沿海大型開發案，至少有十一個遊樂區和旅館計畫佔據，總開發面積超過一百公頃、總投資金額達上百億，地球公民基金會花東研究員黃斐悅說，目前劃設的「花東沿海保護區」只分為一般保護區和自然保護區，其中較有爭議的開發案多半在一般保護區中規劃，不過在全國區域計畫中將被劃分為有條件開發的一般保護區，加上海岸法尚未通過， 目前並沒有法源依據可以管理這些開發案。
在缺乏管理機制的沿海保護區，更是和族人的傳統領域重疊也剝奪族人使用自然資源的權利，台東居民黃苑蓉就認為許多開發案就是開發在這些地方，過去也引發許多抗爭，而中研院生物多樣性研究中心研究員陳昭倫也指出，從台東卑南溪以北就會有珊瑚礁和藻礁發育，非常擔心沿海珊瑚礁生態遭到開發案而破壞。
就在內政部營建署將陸續召開「全國區域計畫修正案」公聽會之際，民間團體呼籲全國區域計畫修正時，營建署和花東縣府應對沿海保護區訂出更明確的列管細則，立法院也應儘速推動「海岸法」，讓海岸保護有明確的法源依據，此外環保署也應該針對通過環評的舊案，應落實環境監測，交通部也應在整體觀光政策上評估旅客、住宿的總量管制，在多方部會的合作之下才能讓花東沿岸真正確保環境資源的完整。
