在這次九合一大選，六都直轄市長除了台南市長賴清德、高雄市長陳菊順利高票連任，以及朱立倫驚險保住新北市之外；台北市、桃園市及台中市首長都將換黨執政，而六都直轄市新任市長在重組小內閣人選；負責推動原住民事務的局處首長名單會不會有所變動，也引起民眾關心，我們可以看到以下六都現任的原住民行政單位首長，分別台北市原住民族委員會主委 楊馨怡 阿美族、新北市原住民族行政局局長 林倩綺 阿美族、升格前的桃園縣原住民行政局局長 林誠榮 泰雅族、台中市原住民族事務委員會主委 吉娃思巴萬 賽德克族、台南市民族事務委員會主委 蕭博仁以及高雄市原住民事務委員會主委 谷縱．喀勒芳安 布農族，而由即將卸任的台北市長郝龍斌親自提拔擔任連續兩屆台北市原民會主委的楊馨怡，能不能在這次繼續連任，台北市長當選人柯文哲語帶保留。
台北市長當選人柯文哲在選前曾承諾，台北市原民會主委將以公開遴選的方式選出，並提出未來其他局處若有涉及原住民相關業務，台北市原民會主委都該做好橫向溝通、負責的角色。
但遴選委員會的委員名單與遴選標準方式與時間，能不能在25號上任前出爐？還是未知數。
