考選基金嚴重虧損，考選部部長董保城指出，若政府以照顧弱勢為出發點，身障特考的補助應改編列公務預算支應，不應再由考選基金支出，考選部近期將提報考試院會討論。
現行弱勢族群、原住民、中低收入戶、身心障礙者報考國家考試，報名費可獲減免，不過目前僅有身障特考報名費可全額免費，若報考第二科則減半收費，其他的報名費則採減半收費。身障特考報名費全免自民國一百年施行至今，短收的費用都由考選基金支出，造成考選基金短少。
董保城粗估，身障特考若改減半收費，以一○三年身障特考報名人數共五千二百廿二人、每人六百五十元報名費計算，共可收到約三百卅九萬四千三百元報名費，但全免對考選基金負擔大，過去曾邀原民會、內政部、勞動部等機關商討是否可編列預算補助，但部會皆認為考試科目不歸其業務管轄，編預算支應有困難。