原民會原本預計在未來10年完成16族各一所部落學校目標，但在排灣族、卑南族、阿美族、泰雅族及布農族設校之後，其他族群預計在104年設校的計畫可能將有所變動，甚至面臨轉型。29號立法院審查原民會104年度預算案，-其中14億3400萬元的原住民教育推展經費受到民進黨立委提案凍結2千萬，另外再減列500萬-，原因在於民進黨立委認為，教育部將本土語言列為選修前提下，部落學校作為輔助族語學習成效不彰，要求原民會提出部落學校執行效益評估報告，並且要求跟教育部諮詢規劃有沒有轉型可能。
立委鄭天財認為，除了國民義務基本教育，部落學校還是有設置必要，但如果要達到台灣原住民族16族各一所目標，經費編列上的確有困難，再考量到部分族群跨縣市分布，部落學校設置地點，也會影響執行效益，如果要部落學校轉型，就要跟教育部合作，認為原住民族重點學校以第三學期制方式後續執行部落學校傳承語言文化工作。
原民會強調，現有的五所部落學校，並不會因為預算有限而受到影響，但未來也必須提出目前部落學效執行效益評估，以及未來轉型的可能規劃，才能解凍預算，但跟教育部未來諮詢合作的結果如何，會不會影響當初要設立部落學校的精神，還需要中央跨部會聯繫並且跟族人進行討論。
