年底九合一選舉被視為台灣史上最大規模的選舉，而直轄市議員或縣議員選舉，由於都會區族人散區各處，有些選區投票所可能只會有一位選舉人，但也會成為變相記名投票，將違反憲法的秘密投票原則，立委認為應該以集中開票或是改變投票方式。
不過中選會堅決表示，以目前的選罷法第五十七條的規定，一定要現場開票，不能將選票移到別的投開票所集中開票，除非修法才有可能，至於投票調整，而中選會代理主委強調，過去有集中選票開票的例子，但因為今年受到九合一選舉變革，村里長與縣市議員不能分開投票，若是合併到別的投票所投票，可能會喪失選舉人原本村里長選舉的投票權利，並且不在籍投票修法通未過前，只能按照選罷法規定。
無論是投票或是開票都因為目前選罷法限制依照現行法律中選會立場堅決，表示只有提出修法，但想要在年底大選完成修法恐怕有難度。
