為了加速離島建設，中央從90到99年度編列300億的離島建設基金，立法院經濟委員會10月16日審查離島建設條例修正草案，立委簡東明、陳雪生都提案修正第十六條，針對離島基金的運用，立委簡東明認為，離島地區逐步開放建設，更需要中央以經費持續挹注，目前離島建設基金也由原本的300億，到目前餘額不到一百億元，立委就要求中央政府應繼續以預算撥補基金，並且規定基金的規模不得低於一百億元。

目前離島建設基金餘額還有84.16億元，經建會表示，經過主計總處和財政部評估，基金若要維持一百億元，在沒有相對收入情況下，可能會嚴重排擠到其他重要政務的推動，不利於政府整體財務運作，經建會副主委黃萬翔也表示，離島建設基金預算一年大約支出11億，預估再七年左右就會用完，離島的基金預算和公務預算不可偏廢，各項建設未來需要以公務預算為主，基金預算為輔，不會拿基金預算作為建設的資金來源。

離島建設條例相關修正案經過協商後，由立委簡東明與陳雪生所提離島建設條例第十六條的修正案初審通過，離島建設基金將會由中央政府應繼續以預算撥補，並且基金的規模不得低於一百億元，但兩案併案審查完畢擬具審查報告後，將提交立法院會報告，還需再由黨團進行協商。