民國100年年底，行政院版本的原住民族自治法共83條送進立院，但最後因為財政、法律位階、自治權權限及土地四項爭議不斷，最後在立院闖關失敗，法案因此又退回到行政院原民會重新修正，經過兩年重新修法，行政院在9/16以原住民族自治暫行條例草案共29條，再送進行政院審查，原住民族自治基金100億在正式實施後五年分年撥補，法條從83條縮減至29條，法律位階下降至條例，對於原本的原住民族自治法草案現在變成暫行條例，行政院原民會表示，精神內容不變，因為目前已暫行條例的方式比較可行，待自治政府真正成立後，會再擬定原住民族自治法。

行政院版本的原住民族自治暫行條例要施行多久，要依據施行之後的狀況評估，目前內容是原住民族自治政府主席由行政院原民會主委兼任，而14族的自治區組織成員以推舉取代民選的方式產出區主席，因地方制度法的修法對即將升格為直轄市內的原住民族行政區而言，已削弱了原鄉居民的參政權及自主權，立委擔憂，若各族自治區區主席由推舉方式選出，形同虛設。
原住民族自治暫行條例已經送進行政院審理，但還沒有送進立法院，已經引起藍綠民意代表的質疑