總統馬英九在4月13日，出席了北排灣族大武山部落學校第一屆的開學典禮，同時與學生們一起將小米播種、耙地，計畫要在10年內成立全台30所的部落學校。但是全台第一所成立的部落學校，卻發生在開學典禮後，校長與承接部落學校業務的協會理事長因經營理念不同，開學後短短四天，也在4月16日請辭求去。
因為理念上的不合，權責劃分不夠完備，校長請辭，目前大武山部落學校校長由理事長代理。行政院原民會所推動的「部落學校設立十年計畫」，全台第一所第一屆，才開學就面臨沒有校長，未來如何在教學與行政工作上取得平衡，讓部落學校能正常運作，發揮民族教育的功能，受到考驗。原民會表示，未來在機制上會做修正。
大武山部落學校課程與校務推動，原民會表示並沒有因為校長請辭受到影響，目前也要求校方儘快完成遴選校長的工作，未來校長該由老師兼代校長或是由部落耆老擔任校長職務，都會尊重部落決定。
