擁有78年歷史的玉山神學院，是培育神職人員的重要教育聖地，但在這次的0403地震中也遭受波折，院內牆面跟地面都出現裂痕；院長表示，地震過後許多國內外牧者或是部落的兄弟姐妹都相當關心學校的情況。