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總統馬英九當選國民黨主席，不過，在慶賀馬總統高票當選的背後仍有重重隱憂，包括藍營的客家票源出現鬆動，花蓮台東藍營鐵票地區得票也出現鬆動，都將是當選主席的馬總統未來重大考驗。
確定當選黨主席的馬總統，第一時間趕赴黨中央，向現任黨主席吳伯雄致謝後，27日沒有刻意安排謝票行程，不過，上午正式收到中共總書記胡錦濤賀電後，馬總統也在稍後回覆，兩岸領導人首度正式函電往返，刻意維持對等的原則，一開頭的稱謂都以雙方政黨的名義稱呼對方，而胡錦濤強調，希望深化政治互信，馬總統則以新十六字箴言聚焦兩岸和平。賀電最後胡錦濤以中共總書記署名，馬英九因為還沒正式當上黨主席，只以個人名義回覆。
兩岸執政黨同時也是領導人的互動引發高度矚目，而藍營內部更關注的是，馬總統雖然以28萬5千多票，高達93%的得票率，贏得選舉，不過，卻也出現高達1萬8000多張的廢票，其中台北縣市，投票率跌破五成，而在桃園縣、新竹縣及新竹市的客家縣市部分，投票率也未過半，新竹市31.88%，更是全國最低，地方傳出可能是這些地區的黨員，為現任黨主席吳伯雄抱不平有關，吳伯雄趕忙澄清。
而向來是藍營地盤的花東地區，投票情形與黨中央原先的高預期也有落差，尤其得票率最低的雲林縣，黨中央不諱言這是立委補選的提名上，地方派系醞釀反彈。
雖然馬總統要在9月才會正式擔任黨主席，不過，這次選舉情況，也可看出深藍選票對馬總統執政1年的反應，而如何處理花蓮與雲林縣黨內初選紛擾，更是馬主席將面對的首要棘手難題。
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