損失補償基金會揭牌後，後續經費的運用也引起族人關注。有部分族人質疑，這筆補償金在政府投注本金後，只能動支孳息，等同於看得到卻吃不到的大餅。不過基金會表示，未來會竭盡所能運用這筆有限經費。前兩年會先以族人生活輔導跟文化業務為主，給予經費支持。