原住民族重點學校，可以彈性利用學習節數，規劃原住民族相關課程，達到文化傳承，不過­，花蓮縣教師會理事長劉立軍擔心，原住民重點學校是否會讓人連想起日治時期，將學校分­為小學校、公學校與番學校的規劃?可能引起歧視?同樣也是原住民重點學校的烏來國中小­，則是發現，原住民重點學校，可能會被標籤化，認為缺乏競爭力。

不過教育部回應，設置原住民重點學校，本位課程並沒有受到影響，而是軟硬體設備資源挹­注增加。

而教育前線的校長認為，原住民重點學校，除了課程設計融入在地原住民族文化、還能開設­原住民族相關社團，讓原住民籍學生更了解母體文化。

面對現今學習競爭壓力，校方坦言的確也有家長，選擇其他學校讓孩子就讀，不過原住民重­點學校，遭外界認為學習競爭力相對低落?校方認為，需要各界一塊來討論，一同破除類似­說法與思維，才能讓原住民重點學校，朝向更好教育發展前進。