現藏孤本（絕版）日文舊籍圖書資料約有十六萬餘冊，原係日治時期台灣總督府圖書館及南方資料館所藏，另館藏明清刊本線裝書約六萬餘冊，前者因二次大戰期間，迭遭戰患，一再遷藏，受嚴重破損；後者則因藏用年久，致蟲蝕水漬受損嚴重。目前已將大部分珍貴日文舊籍圖書及報紙進行微捲拍攝，並建立索引資料庫，提供讀者利用。