小琉球烏鬼洞是島上熱門觀光據點之一，但「烏鬼」所指究竟是被荷蘭人帶來黑奴、抑或平埔族最大支系西拉雅族人？迄今未有定論。 近來中研院學者建議將烏鬼洞等歷史鑿跡列「遺址」或「文化景觀」 保存下來，嗣後做深入研究。

小琉球島上充斥「烏鬼洞」、「烏鬼井」、「烏鬼橋」等名稱，有關「烏鬼番」傳說更是版本眾多。

琉球鄉公所表示，較為人知的是烏鬼洞口外石碑記載，碑文指烏鬼是明鄭時代非裔黑奴，因為常掠劫海上經過商船遭荷蘭人剿伐，黑奴躲進隱密狹窄烏鬼洞，最後被放火燒死洞內而得名。

另一說法，是近年學者考證荷蘭時代相關文獻史料認定小琉球「烏鬼」真正身分是西拉雅族，並指因語言隔閡致荷籍船員被殺，荷蘭人才討伐島上原住民，與清末時期「牡丹社事件」肇因頗為異曲同工； 至於烏鬼洞碑文所述，訛傳成分居高。

中研院學者劉益昌近來提出清代對小琉球相關文獻記錄，並未有平埔族群「支社」在此生活記載，他直言「烏鬼」極可能是一支獨立原住民族系，值得再深入研究；他也建議將烏鬼洞等發生過重大歷史事件場域指定或登錄保存。

縣府文化處解釋，登錄或指定為遺址須完整考究調查烏鬼洞是否文化遺跡，至於指定為文化景觀同樣須要更豐富史實佐證，才能訂出明確保存維護計畫。

大鵬灣管理處副處長許主龍也說，烏鬼洞不曾發掘先民生活過痕跡 ，就以地理地質結構分析只是珊瑚礁岩隆升地形，可讓遊客登島遊覽一窺奧妙獨殊景觀，他認為若歷史事件地點要列文化景觀，認定標準恐應更嚴謹。