總統馬英九在4月13日,出席了北排灣族大武山部落學校第一屆的開學典禮,同時與學生們一起將小米播種、耙地,計畫要在10年內成立全台30所的部落學校。但是全台第一所成立的部落學校,卻發生在開學典禮後,校長與承接部落學校業務的協會理事長因經營理念不同,開學後短短四天,也在4月16日請辭求去。
因為理念上的不合,權責劃分不夠完備,校長請辭,目前大武山部落學校校長由理事長代理。行政院原民會所推動的「部落學校設立十年計畫」,全台第一所第一屆,才開學就面臨沒有校長,未來如何在教學與行政工作上取得平衡,讓部落學校能正常運作,發揮民族教育的功能,受到考驗。原民會表示,未來在機制上會做修正。
大武山部落學校課程與校務推動,原民會表示並沒有因為校長請辭受到影響,目前也要求校方儘快完成遴選校長的工作,未來校長該由老師兼代校長或是由部落耆老擔任校長職務,都會尊重部落決定。