全國六都當中，唯獨台南市沒有原住民族專責單位，只有「民族事務委員會」下的「原住民族科」，使得台南市原住民族事務的組織人力與預算規模，多年來受限，族人的權益也跟著受到影響，議員要求市政府，趕緊設立原住民族專責單位。
議員表示，依據《原住民族基本法》第8條第1項規定，直轄市政府應設原住民族專責單位，因此六都中的其他五都，都設有原住民族專責機關，反觀台南市從2010年升格為直轄市以來，一直沒設立一級的原住民族專責單位。對此，市長黃偉哲做出回應。
市長黃偉哲承諾，將透過組織改造架構調整，朝成立原住民族一級專責單位來努力，但並未訂出時間表。
