台灣文獻館在民國82年，實施修纂「台灣原住民族史」計畫，陸續出版36本各族史專書和史料，為了加強各族群歷史研究的深度與廣度，從民國93年開始，與原民會攜手推動第1到第2期的「台灣原住民族史專題計畫」，至今走到第3期，由國史館、原民會以及文獻館三機關通力合作，進行10個部落的歷史研究，當中包括：魯凱族好茶部落、卡那卡那富部落、排灣族Padain部落、噶瑪蘭新社部落、拉阿魯哇部落、布農族郡大社部落、鄒族久美部落、賽德克族廬山部落以及阿美族娜荳蘭部落。

預計今年底，將出版專書以及辦理40場原住民族專題演講。

除了致力保存原住民族部落歷史文化，這期計畫也大幅翻轉，以往多以非原住民族來書寫原住民族歷史，這次是由原住民族學者，以族群觀點，自我表述，藉此貼近部落歷史。

原民會也提到，第三期台灣原住民族史專題成果的發表，同時也代表著下一期的調查研究，將開始著手推動，明年除了同樣會挑選10個部落歷史做深度考究，當中也將第一次納入2個平埔族群部落，進行首次論述，來保存原住民族歷史文化。