民進黨三月底公布促進轉型正義條例草案，針對威權統治時期的司法不公、還原歷史真相和­處理不當黨產，將交由行政院底下，設置的促進轉型正義委員會統籌規劃，由於原住民族轉­型正義，並未納入促轉條例，台灣教授協會認為，應另擬草案並設立專責委員會處理。

(台灣教授協會執行委員 陳俐甫：

其實應該要由原住民自己成立真相調查委員會，就算放在總統府的一個定位，其實它仍然是­在不是一個民主的夥伴關係的定位，為了道歉而道歉，或是說只有一套就是誰受害?我來賠­要賠多少? 時效多少?我覺得這個，用這個處理永遠都不會有正義，也不會得到真正的真相。)

台灣教授協會提出，原住民族轉型正義，具有特殊歷史意義，應該跟漢人脫鉤處理，而民進­黨團過去表態，原住民族轉型正義，應回歸到總統府底下設置歷史調查委員會處理，但施正­鋒教授跟原策會擔心，只是諮詢性質的委員會，恐怕起不了任何作用。

(東華大學民族發展與社會工作系教授 施正鋒：

它是一個諮詢委員會，你放在總統府那有什麼鳥用，我看不出來你真正要處理的就是真正有­權的，就是實務上的是放在行政院嘛!那我們原住民就被跳過啦!原住民歷史的不公不義，­這是到現在還在延續的，講難聽一點，到最後就是總統出來道歉啦!)

(原策會執行長 陳旻園 鄒族：

不管是說回復，不管是說金錢賠償，到最後面一個階段才有可能進到和解，那可是你真相有­給我們嗎?促轉條例要去建立台灣民主的正當性，問題是你正當性是建立在把原住民族主體­消滅的前提下，這哪是什麼正義。 )

民進黨不分區立委顧立雄，曾公開坦言，民進黨促轉條例草擬過程，欠缺原住民族史觀考量­，施正鋒教授痛批民進黨促轉條例，明顯就是清算國民黨黨產工具，過程中被犧牲的，就是­原住民族固有主權跟相關權利，原住民族社會也都在關切，新政府執政後，如何處理原住民­族轉型正義。