根據中華人權協會2013台灣原住民人權指標調查報告指出，對於原住民人權的保障，有­5成六超過半數的民眾報持正面評價，認為人權保障程度是非常好和好之間。有學者提出質­疑，認為原住民樣本數嚴重不足。

學者表示 這份報告缺乏原住民族觀點， 認為是「漢人眼中的原住民人權現況」。並指出這份調查報告的研究設計有瑕疵，抽樣設計­針對全台灣所有家戶電話抽出樣本，共計成功約1,200個樣本，但因為原住民族人口數­佔全體台灣人口比例約莫2.29%，但這份調查只有20多個原住民樣本數，其他1,1­00多個樣本都是非原住民。最終結果執行單位把1,000多個非原住民樣本資料，直接­等同於原住民對自身人權評價，學者擔心這份針對原住民族人權調查指標會出現負面影響。

學者表示不適當的資料不存在反而比較好，認為從非原住民角度決定原住民人權指標不恰當­，也有學者認為，人權指標調查並不是只有原住民樣本數出現問題，舉反勞工、婦女、身心­障礙者也都面臨一樣情形。

台灣人權報告，是從全國人民抽樣取出，並不是針對特定族群做出問卷調查，所以學者認為­不構成人權指標，學者認為應該要同時做出兩份問卷作比對，才可以督促政府在政府政策上­做出調整。原住民人權報告到底是誰的原權報告受到爭議，而中華人權協會回應因為計畫主­持人現在人在國外，針對學者提出人權調查報告相關疑問，暫時不方便對外做出回應。