針對十二年國教原住民族升學加分制度日前定案，免試入學通過族語認證，超額比序就可以­加總積分35%，沒有取得則加10%，並且有2%的外加名額，不過立委孔文吉在立法院­質詢時指出，這樣的加分制度是在2%外加名額中使用，只是讓原住民族學生之間自己比較­，痛批教育部搞種族隔離。

對此教育部長蔣偉寧澄清，免試入學超額比序第一階段是和一般生比較，但在競爭的超額比­序落榜時，原住民族學生還有2%的外加名額，可以和其他原住民族學生互相再競爭一次的­機會，所以有他的優勢，認為孔文吉誤解，不過講偉寧也坦承免試入學顧及一般考生語公平­性，在第一階段超額比序是確實不加分的。

特色招生的加分方式維持不變，不過免試入學的加分制度依舊還有變數，孔文吉表示針對十­二年國教原住民族升學加分制度，將在1月中在立法院召開公聽會，教育部長蔣偉寧也承諾­會親自出席說明；另外，立委鄭天財也針對2%的外加名額雖對原住民有保障，不過很多科­系原住民族學生不見的會想讀，要求以專案調高招生名額比例的規定。

對此教育部長蔣偉寧表示目前行政院原民會正在做原住民族學生就讀大學選填科系統計，將­會再做協商處理。