祖先崇拜
在萬物皆有靈的原住民社會，祖靈崇拜是萬物有靈的核心與支柱。許多部落普遍把開基創業的祖先奉若神明，頂禮膜拜，認為祖先生前能領導眾人艱苦奮鬥，從事狩獵、捕魚、農耕，為部落的生存與發展而鞠躬盡瘁；在他死後，他的靈魂勢必對後代子孫具有賜福或降災的能力。因此，舉凡農事、出獵、捕魚及祭祀慶典，必先祭獻祠靈。他們相信祖靈像生前一樣，冥冥中監護著大家，違背祖先意志的，必遭其懲罰，遵循祖先規矩的，必然得到護佑。
卑南族除祖靈之外，還有自然神，但有時與祖靈相接合。他們的神靈系統中，有天神和地神，地神有時被認為是祖靈。蓋祖靈以其具有農神、家神、社神的性質，而又與地神揉和，所以有時天地兩神養育作物、獵獸，是對人類有恩惠的賜予者，被認為是福神或吉祥神。
祖靈屋
祖靈屋為每一個氏族所共有，卑南語稱為「嘎魯榪按」karuma(H)an，是氏族的祭祀場所。在卑南族社會裡，Karuma(H)an分為部落性祭祀的場所、家族的小型祭祀場所，以及巫師的祭祀小屋等三種類型。而卑南人有關個人生命禮俗、家庭對祖先的各種祭祀都經由巫師在祖靈屋舉行；按每一世系或氏族都有一間祖靈屋，所以在部落中常見到許多靈屋分散各地，而祖靈屋以往是為住屋，今日則作為祭祖靈的處所。所以，由家屋衍生的祖靈屋是可以住在裏面，甚至在內煮食進三餐，目前南王村還有南、北各一個祖靈屋。祖靈屋的建築特色為必向東而建，正面、背面均開一門。傳統的祖靈屋以竹為壁上蓋茅草，知本的祖靈屋則是以石板貼在水泥牆上，與鄰近排灣族建築風格相似。屋內沒有神像，只有祭祀的祭台以及炊煮供品的灶。每一個祖靈屋有專屬的男、女祭師。祭師常用的法器有檳榔、巫珠、麻線、鐵片。因時機不同，法器使用各異。
婚姻
卑南族的婚嫁，先是男女相悅，再央媒說合，同意即舉行訂婚。卑南族人結婚以招贅婚為常則，以嫁娶婚為變則；不過主動求婚者還是男性。由男方向女家送聘禮，即使男子出贅女家也一樣。男子向所愛慕女子，以其頭巾、檳榔袋祕密贈與，女子如果接受的話即為定情，以後男子後悔還可以討還。定情後，男子即常採薪送女家為服役；女子亦至男家為男子的母親幫忙汲水、舂米等家務。
男家親族會議認為女方條件合適後，邀請與男女兩家均有親戚關係者為媒人，攜檳榔與酒赴女家，向女方父母及舅父提出求婚之意。女家亦舉行親族會議後，始能決定許婚與否。所以求婚者常須奔走女家數次後，才能得到女方的許婚。男女家皆以舅父為主婚人，所以必須女方的舅公在場同意，才能許婚。如果女方將求婚者攜來的檳榔與酒收下，即表示許婚。
許婚後，媒人仍須奔走於男女兩家之間，商量聘禮的內容與數量。婚姻雖然以贅婚為主，但聘禮仍由男家送往女家。聘禮是由男家的亞氏族各家集體備辦；包括牛一頭、土地一塊、檳榔一大束、牛車一台、鐵犁一把、鐵鍋一口。女家的答禮稱為palibong，即糕apai與酒rao。
訂婚後，媒人協商男方的聘禮，以及女方的答禮。商定婚禮後，再由男家媒人向女家商定婚期；婚期一般安排在十一月至隔年二月間冬季農閒時期。在婚期前十天，男家邀集亞氏族男性親屬一同搬至聘禮至女家。十天後，女家預備好答禮酒、糕，由女家亞氏族人送往男家及新郎所屬的會所以迎親。由男家族人招待飲酒後，一齊伴送新郎至女家，在女家舉行宴飲；至傍晚，兩族男女青年開始婚禮舞蹈，直至深夜。當晚新郎仍回會所住宿，次晚始由媒人陪伴新郎至女家，是夜開始在女家住宿。媒人至女家時，對女家祖先祭告禮稱patsabug，至此婚禮遂告成。
結婚為男方帶著牛車、牛、農具、獵具到女家，類似漢人之入贅，但其實不同，生男為別人家出力，照顧別人家是可以自傲的事；若妻死可由自選擇去留，要回自家亦可，顯示男性仍保留相當的自主權。
南部阿美族（海岸群、馬蘭群、恆春群）與卑南社卑南族為母系氏族社會，其氏族外婚制度從未如父系氏族社會那樣嚴格。兩個母系氏族制的區域，容許過渡性變則的婚姻制度，即在缺女嗣時，由男嗣娶婦承家的過渡性父系家族。
卑南族近代亦多男娶女嫁婚，結婚時男方到女家迎親，並送聘禮給女家，女家則回嫁妝於男方，如招贅婚姻就完全相反了。
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