撒奇萊雅認為他門的祖先從南方島嶼來，稱為Sanasay或是Sainayasay，後來向北漂移至大港口與豐濱間的海岸。最初他們居住在秀姑巒溪下游或奇密，後來人口增加、耕地不足，部分族人便向西移至花東縱谷，再北上抵達奇萊平原（即今日花蓮市一帶）。但這個傳說有可能是源自阿美族的傳說。有另一種說法，認為撒奇萊雅族遷來之初，居住在Nararacalan，在美崙山西北，即今日花蓮港西北一帶。Nararacalan原自raracan是一種卷貝，傳說中認為這地方稍北接近海邊的地方，有一數量豐富的小丘，是祖先吃貝類留下的貝塚。以此傳說推斷，撒奇萊雅祖先以採貝類為生。不知何時，撒奇萊雅族人又移向今豐川一帶，成立Takofoan(塔閣寶安)部落。

  

最少在1630年代左右，撒奇萊雅族已跟荷蘭探勘隊有接觸。他們主要部落在今花蓮火車站以西至國福里間，分設四小社：Takofoan（今花蓮市德興里，慈濟大學及四維高中一帶）、Sinsya（今豐川，清稱十六股）、Todo（今四維高中稍西，清稱三仙和）、Lifoh（今國慶里，清稱竹窩宛）。以上四社統稱Takofoan，因其地多茄苳樹，又稱Sakor。明清之際撒奇萊雅勢力漸強，於是向外拓展，北至北埔、西至中央山脈（加禮宛山）、東至美崙山、南抵七腳川和荳蘭。 

 

 

 清朝光緒4年(1878年)發生加禮宛事件，除了噶瑪蘭族加禮宛人之外，撒奇萊雅族人也參與其中。根據官方的資料所記載，商人陳文禮至加禮宛（在今花蓮市區）墾田，為加禮宛所殺，清營官命令加禮宛人以金、穀慰安死者家屬。然而加禮宛人不聽，且殺傳令兵丁，之後與竹窩宛社（在今花蓮市）謀叛。據地方耆老的口述：商人陳文禮等，不改姦商之剝削，欺壓加禮宛的原住民，侵占不少田地，原住民恨之入骨，才造成被殺。

加禮宛事件的一開始，撒奇萊雅人與加禮宛人聯合突擊漢人兵營，清兵不敵而被打敗，隨之向宜蘭、台北求援，族人男女老幼驚惶中向南逃逸，最後流於多處南方阿美族的部落中，隱姓埋名。

大部分撒奇萊雅人被迫遷至Kulamay（飽干，今花蓮市主權里）、Fuwinowir（波納爾，今吉安鄉宜昌村）、卡來萬、馬於文、加路蘭、六階鼻等地，小部分被聚集於今花蓮市郊成一社，改名歸化社，至此撒奇萊雅勢力大減。