達悟族的祖先從何而來的說法，每部落都有各自的說法，最廣為人知的是紅頭、漁人兩部落。在傳說中，達悟人並非土生土長在蘭嶼，而是從外地來的。比較能使達悟族人認同的說法是海嘯發生之後僅存活的幾戶人家下山，移居至現在村社的說法，對於海嘯發生前族人的遷移就不太明瞭。海嘯前本有Do bos bos san〈紅頭西側地帶〉、Do vong ko〈東清港溪岩洞地帶〉、De ma wa wa〈朗島灣附近〉、De mina toron〈椰油村〉四個小聚落。海嘯發生後，全島都被淹沒，只剩下最高峰紅頭山，極少數的人因逃至紅頭山峰躲過一劫。經過九年，劫後餘生的少數族人移至平坦之地，另尋居住地。
雖然他們與台灣其他原住民都屬於馬來波里尼西亞系，但在文化的表現上卻有明顯的不同。傳統上，他們是台灣原住民中唯一不釀酒精飲料、不獵人頭、不使用弓箭的民族。他們依賴捕魚及採集水芋為生，其建築、飛魚祭、新屋及新船落成禮、對死亡及神靈的態度更是獨一無二。直到1960年代以前，達悟族極少與外來文化接觸，因此其文化體系得以保存相當程度的完整。
1950年代後期，蘭嶼如同其他台灣離島，成為放逐犯錯公務員、軍人、警察和學校教師的邊疆，在島上也興建監獄收容罪犯。更甚者在島上建立全台唯一的核廢料儲存場，自1982年開始收納核廢料，引起達悟人的抗爭。
達悟族不論從地裡或是文化上觀察，學者們深信，它們當屬於馬來系統而具較複雜的混合文化。在體質人類學上的測定，最初有鳥居龍藏，其後宮內越藏也作過一次。根據報告記載，該族人的體質特徵大體為低身、短鼻，若把他們和台灣本島的原住民比較，排灣族的體質和他們最接近。達悟族的眼睛多屬馬來眼，紅彩帶有黑褐色，毛髮呈黑色，也稍帶棕黃色，面圓，皮膚褐色。鳥居龍藏在1900年最初在蘭嶼曾作過一次體質的調查，報告中曾記載有縮毛的男子，膚色亦有例外而不作褐色。學者們認為，身高及其他各項有相當差異，可能是混血所致。
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